El objetivo de esta investigación fue analizar el origen amerindio y europeo de los haplotipos del cromosoma Y en una muestra poblacional de la Ciudad de Salta (NOA), y comparar estos resultados con los obtenidos previamente por otros investigadores a nivel de DNA mitocondrial. Los linajes paternos demostraron un elevado grado de homogenidad genética con la presencia de hablotipos de raíces
Europeas (70%) y una menor contribución de haplotipos amerindios asociada al sub-haplogrupo Q1a3a (26%). La baja proporción de haplotipos paternos nativos y en contraste con el elevado número de linajes maternos en la región (86,7%), reveló que hubo un aporte diferencial por género a lo largo de la historia del mestizaje en la población. Se observaron dos únicos perfiles (T y E1b1a) originarios del continente africano, los cuales fueron posiblemente introducidos en la región por migraciones, siendo también posible su procedencia debida a la trata de esclavos que experimentó la Ciudad después de la llegada de los conquistadores españoles.