Simulacions de propietats vibracionals. Aplicació a aminoàcids

Abstract

[cat] En el següent treball de final de grau es pretén analitzar la precisió de les freqüències vibracionals obtingudes a partir de simulacions teòriques respecte a les freqüències experimentals. Amb aquest objectiu es realitzarà un estudi comparatiu per determinar quina combinació entre funcionals de densitat i bases és la més efectiva i menys costosa computacionalment per assolir l’objectiu proposat. Així, es farà prèviament un benchmark amb molècules senzilles i els funcionals SVWN5, BP86, MPWB95, B3LYP i M06-2X amb conjunció amb les bases 6-31G, 6-31G(d,p), 6-31+G(d,p) i 6-311+G(2df,p). Els resultats obtinguts mostren com la millor combinació es dona entre els funcionals M06-2X i la base 6-31+G(d,p), i aquesta serà la combinació metodològica que s’usarà per l’estudi de les freqüències vibracionals de tres aminoàcids, la Valina, la Metionina i la Histidina. Els càlculs estan realitzats en fase gas, amb un mètode continuo que representa el dissolvent, com el SMD, i amb 5 molècules explícites d’aigua. La forma zwitteriònica és la que s’ha considerat pels aminoàcids degut a que aquesta és la forma predominant a pH=7. D’ells es pot extreure la necessitat de considerar un model en continuo del dissolvent més molècules d’aigua explícites per reproduir els modes de vibració i els valors de les freqüències vibracionals corresponents.