Aplicació web de visualització, navegació i anàlisi de xarxes metabòliques

Abstract

[cat] El metabolisme d’un conjunt d’organismes es pot modelar com una enorme xarxa, on els nodes són els diferents composts químics i les arestes les reaccions que es desenvolupen. L’objectiu d’aquest Treball Final de Grau (TFG) és desenvolupar una eina visual en entorn web de navegació i anàlisi d’aquestes xarxes metabòliques, integrat a dins del marc d’un projecte més ampli dut a terme pel grup de recerca de Biologia computacional i bioinformàtica del Departament de CiènciesMatemàtiques i Informàtica. Després d’estudiar l’estat de l’art actual de les tecnologies web de representació de grafs, a l’estudi de viabilitat del projecte triàrem SVG, un format gràfic vectorial basat en eXtensibleMarkup Language (format demarcat extensible) (XML), com la tecnologia de visualització més adequada. Així, el model de l’aplicació està format per un frontal web interactiu basat en el marc d’execució Angular, que manipula els arxius SVG emprant llibreries JavaScript. Això recolzat per un dorsal Java que exposa una interfície Application Programming Interface (interfície de programació d’aplicacions) (API) Representational State Transfer (transferència d’estat representativa) (REST) i es coordina amb el servidor del projecte marc: metabolomics. A més a més de les ja anomenades JavaScript, Java, SVG, REST i Angular, altres tecnologies emprades al projecte són HyperText Markup Language (llenguatge de marcat d’hiper-text) (HTML), Cascade Style Sheets (fulles d’estil en cascada) (CSS), Spring boot i TypeScript. El resultat del treball ha estat la construcció d’una aplicació que permet als investigadors navegar de forma àgil les xarxes metabòliques, realitzada amb una arquitectura que a banda de suportar els requisits actuals del projecte, posa una base sòlida per incorporar les funcionalitats que el projecte marc pugui demandar.