Estudio computacional de las interacciones de enlace de calcógeno en complejos proteína-ligando

Abstract

[spa] En este trabajo se ha estudiado de forma teórica la capacidad de ligandos que presentan átomos de Se y Te en su estructura para experimentar interacciones de enlace de calcógeno con proteínas. Tras una búsqueda inicial en la base de datos Protein Data Bank (PDB), se procedió al análisis de los complejos proteína-ligando seleccionados mediante cálculos teóricos al nivel de teoría B3LYP/6-311+G**. Para ello se llevó a cabo la creación de modelos teóricos de cada complejo y se analizó la fortaleza y direccionalidad de los enlaces de calcógeno. Finalmente, la interacción se caracterizó combinando las metodologías de “Atoms in Molecules” (AIM), Natural Bonding Orbital (NBO) y Noncovalent Interactions plot (NCIplot).

[cat] En aquest treball s’ha estudiat de forma teòrica la capacitat de lligands que presenten àtoms de Se i Te a la seva estructura per experimentar interaccions d’enllaç de calcògen amb proteïnes. Desprès de una recerca inicial a la base de dades Protein Data Bank (PDB), es va dur a terme l’anàlisi dels complexes proteïna-lligand seleccionats mitjançant càlculs teòrics al nivell de teoria B3LYP/6-311+G**. Per tal d’aconseguir-ho, es varen crear models teòrics de cada complex i es varen analitzar la fortalesa i direccionalitat de la interacció d’enllaç de calcògen. Finalment, la interacció es va caracteritzar combinant les metodologies de “Atoms in Molecules” (AIM), Natural Bonding Orbital (NBO) i Noncovalent Interactions plot (NCIplot).

[eng] In this work, the ability of ligands bearing Se and Te atoms in their structure to establish chalcogen bonding interactions with protein residues has been theoretically studied. After a preliminary search in the Protein Data Bank (PDB), the selected protein-ligand complexes were analyzed by means of theoretical calculations at the B3LYP/6-311+G** level of theory. To achieve this, a theoretical model of each protein-ligand system was built and the strength and directionality of the chalcogen bonds evaluated. Finally, the interaction was further characterized by combining “Atoms in Molecules” (AIM), Natural Bonding Orbital (NBO) and Noncovalent Interactions plot (NCIplot) methodologies.