Seqüenciació, assemblatge, anotació i descripció del genoma mitocondrial complet de Tethysbaena ophelicola (Thermosbaenacea), una enigmàtica espècie de crustaci aquàtic cavernícola endèmic d'Israel

Abstract

[cat] Tethysbaena ophelicola és una espècie de crustaci cavernícola originari de la Cova d’Ayyalon a Israel. Aquest ecosistema va ser descobert fa només 13 anys, per lo que se’n sap poc d’aquest organisme. Tot i així, al ser un medi tan conservat i amb poca influència externa, aquest enigmàtic organisme suposa un punt clau per la inferència filogenètica. L’objectiu del treball consisteix en assemblar, anotar i descriure el genoma mitocondrial de T. ophelicola a partir de dades de seqüenciació massiva, així com seqüències obtingudes amb metodologia de Sanger de marcadors mitocondrials estàndards. Els resultats obtinguts permeteren caracteritzar els 13 gens codificants per a proteïna, els 22 gens d’ARN de transferència i els 2 gens d’ARN ribosòmic. Addicionalment, amb aquestes dades es dugué a terme la inferència filogenètica conjuntament amb mitogenomes d’altres espècies taxonòmicament properes disponibles a GenBank i es demostrà que T. ophelicola forma part del superordre Peracarida, on ocupa una posició basal respecte a la resta de membres del grup.

[spa] Tethysbaena ophelicola es una especie de crustáceo cavernícola originario de la Cueva de Ayyalon en Israel. Este ecosistema fue descubierto hacer sólo 13 años, por lo que poco se sabe de este organismo. Aun así, al ser un medio tan conservado y con poca influencia externa, este enigmático organismo supone un punto clave para la inferencia filogenética. El objetivo del trabajo consiste en ensamblar, anotar y describir el genoma mitocondrial de T. ophelicola a partir de datos de secuenciación masiva, así como secuencias obtenidas con metodología de Sanger de marcadores mitocondriales estándares. Los resultados obtenidos permitieron caracterizar los 13 genes que codifican para proteínas, los 22 genes de ARN de transferencia y los 2 genes de ARN ribosómico. Adicionalmente, con estos datos se llevó a cabo la inferencia filogenética juntamente con mitogenomas de otras especies taxonómicamente cercanas disponibles en GenBank y se demostró que T. ophelicola forma parte del superorden Peracarida, donde ocupa una posición basal respecto al resto de miembros del grupo.

[eng] Tethysbaena ophelicola is a species of cave-dwelling crustacean endemic to the Ayyalon Cave in Israel. This ecosystem was discovered only 13 years ago, so little is known about this organism. Even so, being such a conserved environment and with little external influence, this enigmatic organism is a key point for phylogenetic inference. The goal of this work is to assemble, annotate and describe the mitochondrial genome of T. ophelicola from next-generation DNA sequencing data, as well as sequences obtained from standard mitochondrial markers with Sanger methodology. The obtained results allowed us to characterize the 13 protein-coding genes, the 22 transfer RNA genes and the 2 ribosomal RNA genes. Additionally, the newly generated mitogenome sequence was used to conduct phylogenetic analyses together with mitogenomes of closely related species available at GenBank showing that T. ophelicola is a member of the superorder Peracarida, where it exhibits a basal position with respect to the rest of the members of the group.