Ensamblaje, anotación y descripción del genoma mitocondrial de una especie no descrita de la familia ingolfiellidae (crustácea, percarida) a partir de datos de secuanciacón masiva de ADN

Abstract

[spa] La familia Ingolfiellidae está constituida por especies de crustáceos peracáridos de tamaño muy reducido que habitan en una amplia variedad de condiciones ecológicas, y que están ampliamente distribuidos por el mundo. Aun así, no se dispone de investigaciones genómicas sobre esta familia. Este estudio se enfoca en el ensamblaje, la anotación y la descripción del genoma mitocondrial completo de una especie no descrita de Ingolfiellidae a partir de datos de secuenciación masiva de ADN y avanzadas herramientas de bioinformática. La investigación ha permitido identificar los 13 genes mitocondriales codificantes para proteínas, así como los 22 genes de ARN de transferencia junto con sus respectivos plegamientos secundarios, y los dos genes de ARN ribosomal. El análisis filogenético de los genes codificantes para proteínas, en combinación con aquellos obtenidos de genomas mitocondriales de especies de crustáceos estrechamente relacionadas taxonómicamente disponibles en GenBank, confirma la clasificación sistemática de Ingolfiellidae dentro del orden Peracarida. Este análisis también revela una monofilia estadísticamente soportada con los representantes del orden Amphipoda

[cat] La família Ingolfiellidae està constituïda per espècies de crustacis peracàrids de mida molt reduïda que habiten en una àmplia varietat de condicions ecològiques, i que estan àmpliament distribuïts pel món. Tot i així, no es disposa d'investigacions genòmiques sobre aquesta família. Aquest estudi s'enfoca a l'assemblatge, anotació i descripció del genoma mitocondrial complet d'una espècie no descrita d'Ingolfiellidae a partir de dades de seqüenciació massiva d'ADN i eines avançades de bioinformàtica. La investigació ha permès identificar els 13 gens mitocondrials codificants per a proteïnes, així com els 22 gens d'ARN de transferència juntament amb els seus plegaments secundaris respectius, i els dos gens d'ARN ribosomal. L'anàlisi filogenètica dels gens codificants per a proteïnes, en combinació amb els obtinguts de genomes mitocondrials d'espècies de crustacis estretament relacionades taxonòmicament disponibles a GenBank, confirma la classificació sistemàtica d'Ingolfiellidae dins de l'ordre Peracarida. Aquesta anàlisi també revela una monofília estadísticament suportada amb els representants de l'ordre Amphipoda

[eng] The family Ingolfiellidae is constituted by species of very small peracarid crustaceans that dwell in a wide variety of ecological conditions, and that are widely distributed throughout the world. Still, no genomic research is available on this family. This study focuses on the assembly, annotation, and description of the complete mitochondrial genome of an undescribed species of Ingolfiellidae using massive DNA sequencing data and advanced bioinformatics tools. The obtained results have allowed us to identify the 13 protein-coding mitochondrial genes, as well as the 22 transfer RNA genes along with their respective secondary folds, and the two ribosomal RNA genes. Phylogenetic analysis based on the 13 protein-coding genes, in combination with those obtained from mitochondrial genomes of taxonomically closely related crustacean species available in GenBank, confirms the systematic classification of Ingolfiellidae within the order Peracarida. This analysis also reveals a statistically supported monophyly with the representatives of the order Amphipoda