Desarrollo y aplicación de técnicas de secuenciación de tercera generación para el análisis del gen IGHV en leucemia linfoide crónica

Abstract

[spa] Este trabajo se enfoca en la aplicación de la secuenciación de tercera generación, mediante la tecnología de Oxford Nanopore, para el análisis del gen IGHV en la leucemia linfocítica crónica (LLC). El estudio compara la secuenciación de tercera generación con métodos convencionales, como la secuenciación Sanger e Illumina. A partir del análisis de 20 muestras, se desarrolló un flujo de trabajo bioinformático orientado a optimizar la calidad, depuración y longitud de las secuencias. MinION resultó ser significativamente más rápido, procesando entre 1 y 12 muestras en 3-5 horas, mientras que Illumina requiere 4,5 días para analizar el mismo número de muestras. Además, MinION es considerablemente más económico, con un coste de equipo de 1.900€, en comparación con los más de 90.000€ de Sanger e Illumina. El coste por muestra con MinION oscila entre 50 y 100€, frente a los 5€ de Sanger y los 400€ de Illumina. En cuanto a la eficacia, MinION mostró un 100% de concordancia en la detección de la hipermutación somática del gen IGHV, siendo comparable a Sanger, con una diferencia mínima en el porcentaje de hipermutación detectada.

[eng] This work focuses on the application of third-generation sequencing, using Oxford Nanopore technology, for the analysis of the IGHV gene in chronic lymphocytic leukemia (CLL). The study compares third-generation sequencing with conventional methods, such as Sanger and Illumina sequencing. Based on the analysis of 20 samples, a bioinformatics workflow was developed to optimize the quality, cleaning, and length of the sequences. MinION proved to be significantly faster, processing between 1 and 12 samples in 3-5 hours, whereas Illumina requires 4.5 days to analyze the same number of samples. Additionally, MinION is much more cost-effective, with equipment costs of €1,900 compared to over €90,000 for Sanger and Illumina. The cost per sample with MinION ranges between €50 and €100, compared to €5 for Sanger and €400 for Illumina. In terms of efficacy, MinION demonstrated 100% concordance in detecting somatic hypermutation of the IGHV gene, being comparable to Sanger, with minimal differences in the percentage of hypermutation detected.